Bonjour, je me présente, Uranne, fidèle Omnilogiste qui depuis longtemps souhaite amener sa contribution. Aujourd'hui, j'ai mon sujet, un sujet à la fois vaste et précis, un sujet d'actualité, un sujet sur lequel je pourrais dissiper quelques zones d'ombre.

Eh oui, la bioinformatique, parce que d'abord, c'est mon métier, et parce que surtout c'est très mal compris ! Quand un bioinformaticien sort à son auditoire qu'il est ce qu'il est, plusieurs réactions sont souvent visibles. On a le traditionnel

Vous pouvez répéter ?

Mais on a également le

Ah ouais, les ordis, tout ça tout ça

Ou enfin le fameux

Ouaaah ! Genre tu fais apparaitre des 1 et des 0 en vert sur fond noir et tu crées des mutants pour préparer les guerres biologiques !

Bref, la bioinformatique, les gens ne savent pas. Et aujourd'hui, chers omnilogistes, vous allez apprendre !

D'abord la bioinformatique, c'est quoi ? En clair c'est l'interface⁽¹⁾ entre la biologie et l'informatique, ni plus ni moins. Un bioinformaticien est valorisé de sa double compétence à la fois en biologie, avec des bases théoriques solides et parfois une capacité technique tout aussi grande, ainsi qu'en informatique, avec une connaissance des langages d'intérêt biologique et une capacité à générer des algorithmes⁽²⁾ d'intérêt en biologie.

Mais quel est-il ce but ? Me direz-vous. Eh bien, même si ça ne couvre pas tout son travail, il joue son rôle de sauveteur de la recherche des temps modernes.

Je m'explique.

À l'heure actuelle, les chercheurs commencent sérieusement à avoir des gros jouets, de très très gros jouets. Des jouets qui vont vite, des jouets qui te sortent des résultats à ne plus savoir quoi en faire. Ce qui fait, pour parler d'un cas pratique, que maintenant, un traitement qui s'effectue en quelques heures prendra plusieurs journées à être interprété, c'est-à-dire qu'il faut quelques heures pour obtenir des chiffres et plusieurs jours pour faire quelque chose de ces chiffres. Comme exemple de ce genre de jouet, il y a les spectromètres de masse⁽³⁾, ou bien dans mon cas des lecteurs de densité optique haut débit⁽⁴⁾.

C'est là que le bioinformaticien arrive, sur son Linux⁽⁵⁾ blanc, impérieux, et propose des programmes qui vont assaillir les données obtenus, les malmener pour finalement leur faire cracher le morceau. Il crée en fait des programmes qui ont pour but de dégrossir drastiquement les recherches, d'obtenir automatiquement et en un clic beaucoup d'informations assez facile à avoir mais qui demandent du temps. J'entends par là par exemple des moyennes, des écarts types, des graphiques, des comparaisons entre différents tests par rapport à un témoin, ou en terme de génomique, rechercher des zones précises de l'ADN, connus et d'intérêt, ou supprimer toute forme de doublons dans un génome⁽⁶⁾. Il est désormais facile grâce à l'outil informatique d'automatiser des traitements qui manuellement sont longs et répétitifs, un gain de temps et de ressource incommensurable ! Sans oublier un gain en précision car toute action répétitivement effectuée par un humain aura forcément un niveau grandissant d'erreur.

Comme vous l'aurez compris un bioinformaticien sera avant tout un informaticien qui sait comprendre la biologie.
En ces termes il aura donc une autre utilité majeure : il servira d'interface entre les mathématiques, la statistique et la biologie. Il va en fait faire en sorte que deux mondes qui ne se comprennent généralement pas travaillent ensemble dans un but commun sans difficultés.

Vous l'aurez compris, le métier de bioinformaticien n'est pas bien compliqué à assimiler, quand on s'y penche un peu. Et je pense être dans le juste en considérant cette discipline comme une discipline d'avenir pour tout étudiant qui voudrait tenter le coup.

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1. ⁽¹⁾ ↑ Interface : zone d'échange entre deux choses, pour faire simple.
2. ⁽²⁾ ↑ Mot compliqué hein ! nan c'est simple, je vous propose une recherche google pour les moins connaisseurs.
3. ⁽³⁾ ↑ Oui, de MASSE, ça veut bien dire ce que ça veut dire.
4. ⁽⁴⁾ ↑ C'est juste un outil qui analyse l'intensité d'une couleur d'un liquide, sauf que là, ça lit plusieurs centaines de liquides différents en peu de temps.
5. ⁽⁵⁾ ↑ Ou autre, pas de racisme ici, que de la performance.
6. ⁽⁶⁾ ↑ Parce que la nature aime le copier/coller aussi